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Plateforme Sésame

La Plateforme bas-normande de séquençage de nouvelle génération « SéSAME » (Séquençage pour la Santé, l’Agronomie, la Mer et l’Environnement), développée avec l’Université de Caen-Basse Normandie est localisée au Centre François Baclesse à Caen.

Elle a pour objectif de mettre à disposition des équipes de la région des locaux, des équipements et un support technique et bioinformatique aux projets de séquençage à très haut débit dans les domaines de la santé, l’agronomie, la mer et l’environnement.

Elle est équipée de deux séquenceurs Illumina, un Nextseq500 et un MiSeq ainsi que des équipements nécessaires à la préparation à haut débit des échantillons comprenant deux robots « High-Throughput» Beckman Biomek fx, un covaris E220, une tapestation, un appareil QPCR 7500 Fast, un pyroséquenceur, des serveurs de calculs dédiés et des facilités de stockage pour la bioinformatique.

La plateforme est intégrée dans le Laboratoire de Biologie et Génétique du Cancer du centre François Baclesse faisant partie de l’équipe de recherche INSERM U1079 – Génétique du Cancer et des maladies neuropsychiatriques.

Dans le domaine de la recherche en cancérologie, la plateforme est utilisée pour l’étude des formes héréditaires de cancer du sein ou des ovaires d’une part et pour l’identification de cibles moléculaires à visée thérapeutique dans les tumeurs.

Dans ces domaines, la plateforme développe aussi  des procédés de préparation des librairies, de séquençage et d’analyse bioinformatique permettant d’utiliser la technologie de séquençage à haut débit dans un cadre diagnostic.

Méthodes développées :
Target-seq (reseq dont exome), DNA-seq (whole genome), RNA-seq (transcriptome), sRNA-seq (miRNA-seq).

Analyses bioinformatiques possibles :
génotypage (recherche de mutation, insertion/délétion), recherche de variations du nombre de copies, expression différentielle, épissage différentiel, assemblage de petits génomes.

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Dernière modification : 2 février 2018


Contact : Dominique Vaur / E-mail : d.vaur@baclesse.unicancer.fr

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